主要是：压力异常、漏液、谱图问题、进样阀的问题。
操作压力的变化往往是故障的征兆。A、没有压力显示，没有流动相流动：
原因 解决方法1、电源问题 接通电源，开机2、保险丝被烧坏 更换保险丝3、控制器设定不正确或设定失败 采取恰当的设定、、修理或更换控制器4、柱塞杆折断 更换柱塞杆5、泵头内有空气 溶剂脱气、启动泵抽出空气6、流动相不足 补充流动相、更换入口滤头7、单向阀损坏 更换单向阀8、漏液 拧紧或更换手紧接头
B、流动相流动正常，但没有压力显示： 原因 解决方法1、仪表损坏 更换仪表2、压力传感器损坏 更换压力传感器
C、压力持续偏高 原因 解决方法1、流速设定过高 调整流速设定2、柱前筛板堵塞 反冲色谱柱、更换筛板、更换色谱柱3、流动相使用不当或缓冲盐的结晶沉淀 使用恰当的流动相、冲洗柱塞杆。4、色谱柱选择不当 选择恰当的色谱柱5、进样阀损坏 清洗或更换进样阀6、柱温过低 提高温度7、控制器失常 修理或更换控制器8、保护柱阻塞 清洗或更换保护柱9、在线过滤器阻塞 清洗或更换在线过滤器
D、 压力持续偏低： 原因 解决方法1、流速设定过低 调整流速2、系统漏液 确定漏液位置并维修3、色谱柱选择不当 选择恰当的色谱柱4、柱温过高 降低温度5、控制器失常 维修或更换控制器
E、 压力波动： 原因 解决方法1、泵中有气体 溶剂脱气、从泵中除去气体2、单向阀损坏 更换单向阀3、泵密封损坏 更换泵密封4、脱气不充分 重新过滤一遍、溶剂脱气5、系统漏液 确定漏液位置并维修6、使用梯度洗脱 由于流动相粘度的变化引起的压力波动
二） 漏 液 通常可以通过拧紧或更换管路接头来解决漏液的问题。但值得注意的是过份拧紧会导致金属接头的漏液和塑料接头的磨损。如果通过稍微拧紧接头不能解决漏液的问题，就必须将接头取下，检查是否损坏（例如，卡套损坏、密封表面有杂质）；损坏的接头应该更换掉。A）接头处漏液原 因 解决方法1、接头松动 拧紧2、接头磨损 更换3、接头过紧 拧松，再重新拧紧、更换4、接头被污染 拆下清洗、更换5、部件不匹配 使用同一品牌的配件B）泵漏液原 因 解决方法1、单向阀松动 拧紧单向阀（不必拧的过紧）、更换单向阀。2、接头松动 拧紧接头（不必拧的过紧）3、混合器密封损坏 更换混合器密封、更换混合器。4、泵密封损坏 维修或更换泵密封件5、压力传感器损坏 维修或更换压力传感器6、脉冲阻尼器损坏 更换脉冲阻尼器7、比例阀损坏 检查隔膜，如果漏液立即更换、检查手紧接头，��坏的立即更换8、放空阀的损坏 拧紧放空阀、更换放空阀C）进样阀漏液原 因 解决方法1、转子密封损坏 重新安装或更换进样阀2、定量环阻塞 更换定量环3、进样口密封松动 调整4、进样针头尺寸不合适 使用恰当的进样针5、废液管中产生虹吸 保持废液管高于废液液面6、废液管阻塞 更换或疏通废液管D）色谱柱漏液原 因 解决方法1、尾端接头松动 拧紧接头2、卡套内有填料 拆下、清洗卡套、重新安装3、筛板厚度不合适 使用合适的筛板E）检测器漏液原 因 解决方法1、流通池垫片损坏 更换垫片、避免过大的背景压力（压力降）2、流通池窗破碎 更换窗口3、手紧接头漏液 拧紧或更换4、废液管阻塞 更换废液管5、流通池阻塞 重新安装或更换 三）谱图问题 液相色谱系统的许多问题都能在谱图上反映出来。其中有一些问题可以通过改变设备参数得到解决；对于色谱柱和流动相的正确选择是得到好的色谱图的关键。A）峰拖尾原 因 解决方法1、筛板阻塞 反冲色谱柱、更换进口筛板、更换色谱柱2、色谱柱塌陷 填充填料至色谱柱中3、干扰峰 改变流动相或更换色谱柱4、流动相PH选择错误 调整PH值，一般在3-75、样品与填料表面的溶化点发生反应 加入离子对或碱性修饰剂、更改色谱柱6、柱外效应 调整系统连接（使用更短、内径更小的管路）使用小体积的流通池7、二级保留效应，反相模式 加入三乙胺（碱性样品）、加入乙酸（或酸性样品）、加入盐缓冲剂（离子化样品）换柱8、缓冲液不合适 使用浓度20-100mM的缓冲液、使用Pka等于流动相PH值的缓冲液B）峰前延原 因 解决方法1、柱温低 升高柱温，一般为25-40度，不得超过60度2、样品溶剂选择不恰当 使用流动相作为样品溶剂3、样品过载 降低样品含量4、色谱柱损坏 更换新柱C）峰分叉原 因 解决方法1、分析柱污染 可能是柱子污染，再生；入口可能被阻塞，拆下来清洗必要时更换色谱柱。2、样品溶剂不溶于流动相 采取流动相作为样品溶剂。