对临床组织样本进行研究，寻找**标记，是蛋白质组研究的重要方向之一。但临床样本都是各种细胞或组织混杂，而且状态不一。如肿瘤组织中，发生癌变的往往是上皮类细胞，而这类细胞在肿瘤中总是与血管、基质细胞等混杂。所以，常规采用的癌和癌旁组织或肿瘤与正常组织进行差异比较，实际上是多种细胞甚至组织蛋白质组混合物的比较。而蛋白质组研究需要的通常是单一的细胞类型。*近在组织水平上的蛋白质组样品制备方面也有新的进展，如采用激光捕获微解剖(LaserCapture Microdissection, LCM) 方法分离癌变上皮类细胞。