X射线荧光光谱仪较常见的故障，一般发生在开机时，偶尔也发生在仪器运行中。故障的产生原因可以从三个方面去分析：X射线防护系统;内部水冷系统;高压发生器及X射线光管。
日本理学X射线高压发生器常见故障分析：
X射线防护系统
为了防X射线漏出，高压发生器在射线防护系统正常的情况下才能启动。射线防护系统正常与否，主要检查以下二部分：
1、面板的位置是否正常。 X射线荧光光谱仪是一个封闭系统，面板是外层的射线防护装置，如果有一块面板不到位，仪器就有射线泄漏的可能。因此，每块面板上都有位置接触传感器，面板没有都合上，高压开不起来。
2、X射线的警示标志是否正常。规定X射线荧光光谱仪安装红色警告信号灯并与相应的开关联动，因此如果信号灯失灵，高压也开不起来。
有一种简单的方法可以判断高压不能启动是否是由射线防护系统引起，将仪器的状态设定为维修状态，射线防护系统，如果这时高压可以开起来，就可以确定故障是由射线防护系统的问题引起的。