质谱法在蛋白分析鉴定等实验中具有不可忽视的作用，本文对其中的样本制备试剂用品、实验操作、质谱仪的选择、样品的选择等方面进行详细的介绍。另外，这方面的FAQ、**网站等信息可点击蓝色的字体查看。
用具仪器：
真空干燥仪、水浴锅、10μ和200μ移液器、废液缸、制冰和装冰设备、200μ管架、剪刀、能装放置了200μ管管架的塑料盒、200μ管离心机。
准备：
1. 0.2ml EP管三套，MilliQ水和甲醇各涮一遍，真空干燥。
2. 50ml EP管六支，MilliQ水和甲醇各涮一遍，真空干燥。
3. 胰酶储液制备：使胰酶粉末沉落瓶底，用100μ胰酶重旋液溶解，用0.5ml EP分装成5μl。
4. 50ml 100 mM NH4HCO3。
脱色酶切：
1. 切点将200μl tip头剪成吸口1.5mm左右的直径，MilliQ水涮洗一遍，吸100μl水后戳取斑点，将胶粒打入0.2ml EP管中，吸干水后再用MilliQ水洗涤两遍，吸干。
2. 脱色 180μl 50%MeOH/50mM NNH4HCO3脱色两次以上，每次半小时;180μl MilliQ水洗涤5分钟，180μ 50% ACN洗涤5分钟，180μl 100%ACN洗涤5分钟;真空干燥半小时。
3. 酶切
① 25 mM NH4HCO3稀释胰酶至12.5μg/μl;每管胶粒加入胰酶3μl，冰浴15分钟后洗掉多余的胰酶;再加入3μl左右25 mM NH4HCO3至覆盖胶粒。
② 小心将EP管倒转，将整个EP管架放入塑料盒中后放入37度水浴锅酶切16小时。
③ 将塑料盒从37度水中捞出，注意不要倒掉水，冷却至室温。
④ 加入10μl 25 mM NH4HCO3，震荡15分钟，离心后收集至新管;
加入10μl 2.5%TFA，震荡5分钟，收集至上管;
加入10μl 2.5%TFA-50% ACN，震荡5分钟，收集至上管;
加入10μl 100% ACN，震荡5分钟，收集至上管。
⑤ 将此收集液真空浓缩至5-10μl后，加入20μl 0.5%TFA;继续浓缩至10-20μl。
肽段浓缩除盐：
1. 吸10μl 100% ACN，弃之，重复两次;
2. 吸10μl 0.1% TFA，弃之，重复两次;
3. 吹吸样本15次;
4. 吸10μl 0.1% TFA，弃之，重复两次;
5. 吸3μl 0.1% TFA-50% ACN，将此洗脱液转入新EP管。
质谱种类
质谱仪种类非常多，工作原理和应用范围也有很大的不同。从应用角度，质谱仪可以分为下面几类：
有机质谱仪：由于应用特点不同又分为：
① 气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)在这类仪器中，由于质谱仪工作原理不同，又有气相色谱-四极谱仪，气相色谱-飞行时间质谱仪，气相色谱-离子阱质谱仪等。
② 液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)同样，有液相色谱-四器极质谱仪，液相色谱-离子阱质谱仪，液相色谱-飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱联用仪。
③ 其他有机质谱仪，主要有：基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)，富立叶变换质谱仪(FT-MS)
无机质谱仪，包括：
① 火花源双聚焦质谱仪。
② 感应耦合等离子体质谱仪(ICP-MS)。
③ 二次离子质谱仪(SIMS)
但以上的分类并不十分严谨。因为有些仪器带有不同附件，具有不同功能。例如，一台气相色谱-双聚焦质谱仪，如果改用快原子轰击电离源，就不再是气相色谱-质谱联用仪，而称为快原子轰击质谱仪(FAB MS)。另外，有的质谱仪既可以和气相色谱相连，又可以和液相色谱相连，因此也不好归于某一类。在以上各类质谱仪中，数量*多，用途*广的是有机质谱仪。
除上述分类外，还可以从质谱仪所用的质量分析器的不同，把质谱仪分为双聚焦质谱仪、四极杆质谱仪、飞行时间质谱仪、离子阱质谱仪、傅立叶变换质谱仪等。
质谱仪的选择窍门
质谱仪种类繁多，不同仪器应用特点也不同,一般来说，在300C左右能汽化的样品，可以优先考虑用GC-MS进行分析，因为GC-MS使用EI源，得到的质谱信息多，可以进行库检索。毛细管柱的分离效果也好。如果在300℃左右不能汽化，则需要用LC-MS分析，此时主要得分子量信息，如果是串联质谱，还可以得一些结构信息。如果是生物大分子，主要利用LC-MS和MALDI-TOF分析，主要得分子量信息。对于蛋白质样品，还可以测定氨基酸序列。质谱仪的分辨率是一项重要技术指标，高分辨质谱仪可以提供化合物组成式，这对于结构测定是非常重要的。双聚焦质谱仪，傅立叶变换质谱仪，带反射器的飞行时间质谱仪等都具有高分辨功能。
质谱分析法中的样品选择
质谱分析法对样品有一定的要求。进行GC-MS分析的样品应是有机溶液，水溶液中的有机物一般不能测定，须进行萃取分离变为有机溶液，或采用顶空进样技术。有些化合物极性太强，在加热过程中易分解，例如有机酸类化合物，此时可以进行酯化处理，将酸变为酯再进行GC-MS分析，由分析结果可以推测酸的结构。如果样品不能汽化也不能酯化，那就只能进行LC-MS分析了。进行LC-MS分析的样品*好是水溶液或甲醇溶液，LC流动相中不应含不挥发盐。对于极性样品,一般采用ESI源，对于非极性样品，采用APCI源。
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